Une étude révolutionnaire menée par le doctorant Uri Neri sous la direction du Prof. Uri Gophna de l’Ecole de biomédecine et de recherche sur le cancer de la Faculté des sciences de la vie de l'Université de Tel- Aviv, a découvert près de cent mille nouveaux virus de type ARN, par l’analyse de données provenant d'échantillons de sol, d'océans, de lacs et de divers écosystèmes du monde entier, multipliant ainsi par neuf la quantité de virus à ARN connus jusqu'ici de la science. Selon les chercheurs, cette découverte pourra aider au développement de nouveaux antibiotiques et à la protection contre les ravageurs agricoles.
La recherche, réalisée en collaboration avec des chercheurs des Instituts nationaux de la santé (NIH) et du Joint Genome Institute (JGI) aux États-Unis, ainsi que de l'Institut Pasteur en France, à partir de données recueillies par plus d'une centaine de scientifiques dans le monde, a été publiée dans la prestigieuse revue Cell.
Les virus, expliquent les chercheurs, sont des parasites génétiques, c’est-à-dire que, pour répliquer leur information génétique, produire de nouveaux virus et compléter leur cycle d'infection, ils doivent contaminer une cellule vivante. La grande majorité des virus ne nous sont pas nuisibles, certains d'entre eux vivant même à l'intérieur de notre corps sans que nous en soyons conscients ; cependant certains sont des agents pathogènes qui peuvent nuire à l'homme (comme le coronavirus par exemple).
L'exploitation d'informations génétiques de milliers de points dans le monde
Le doctorant Uri Neri explique que l’étude a reposé sur l’exploitation d’informations génétiques collectées à partir de milliers de points d'échantillonnage différents dans le monde (océans, sols, eaux usées, geysers, etc.), au moyen d’un nouvel outil informatique sophistiqué qu’ils ont développé, capable de différencier le matériel génétique des virus à ARN et celui des hôtes qu’ils infectent. Les résultats leur ont permis de reconstituer la manière dont les virus, tout au long de leur développement évolutif, se sont transformés afin de s'adapter à leurs différents hôtes.
Au cours de l'analyse des résultats, les chercheurs ont même pu repérer des virus suspects d’infecter divers déprédateurs, ouvrant ainsi la voie à l'utilisation de virus pour le contrôle et le traitement des ravageurs agricoles. « Le système que nous avons développé permet d'effectuer une analyse évolutive approfondie et de comprendre comment les différents virus à ARN se sont développés au cours de l'histoire », explique le Prof. Gophna. « L'une des questions clés dans l’univers de la microbiologie est de comprendre comment et pourquoi les virus se transfèrent des gènes entre eux. Nous avons identifié un grand nombre de cas où un tel échange de gènes a permis à des virus d'infecter de nouveaux organismes. De plus, contrairement au cas des virus à ADN, la diversité et le rôle des virus à ARN dans les écosystèmes microbiens ne sont pas bien compris. Au cours de notre étude, nous avons constaté que les virus à ARN n’ont pas un comportement inhabituel par rapport à l’ensemble du paysage évolutif et, en fait, à certains égards, ne sont pas si différents des virus à ADN. Ceci apporte une grande ouverture pour la recherche future et une meilleure compréhension de la façon dont nous pouvons exploiter les virus à notre bénéfice en médecine et en agriculture ».
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de gauche à droite: Uri Neri et le Prof. Uri Gophna (Crédit: Université de Tel-Aviv)
